雙語PNA主鏈添加氨基酸形成生物聚合物(PNA-A、PNA-C和PNA-aa)的示意圖
通過在PNA的主鏈上加入特定的氨基酸基團(tuán),得到了可自組裝的生物高分子。
自然界以兩種基本形式對(duì)信息、結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行編碼:核酸和蛋白質(zhì),核酸主要負(fù)責(zé)信息儲(chǔ)存與表達(dá)而蛋白質(zhì)形成特殊結(jié)構(gòu)行使功能。雖然DNA-高分子偶聯(lián)物成功結(jié)合了結(jié)構(gòu)響應(yīng)性以及序列特異性識(shí)別能力,但是其在生物體系中難以控制,并且局限于陰離子骨架。相對(duì)應(yīng)的,多肽可以通過氨基酸側(cè)鏈來表達(dá)生物物理特性,但缺乏核酸的信息存儲(chǔ)與分子識(shí)別能力。肽核酸(PNA)是設(shè)計(jì)雙語生物高分子的理想結(jié)構(gòu),因?yàn)樗軌蜓刂行灶愲闹麈湸鎯?chǔ)序列信息,具有對(duì)互補(bǔ)核酸**的親和力和在復(fù)雜的生物環(huán)境中的穩(wěn)定性,且能夠在序列特定的位置更換氨基酸側(cè)鏈。
圖1. 雙語PNA生物聚合物的示意圖。
作者設(shè)想通過特定位置的疏水性或親水性氨基酸側(cè)鏈可以得到具有兩親性結(jié)構(gòu)的PNA并進(jìn)行自組裝(圖1)。
作者以一個(gè)靶點(diǎn)miRNA-21為互補(bǔ)核酸鏈(圖2),設(shè)計(jì)了三種PNA結(jié)構(gòu)作為對(duì)照(圖3)。三者都含有一個(gè)帶熒光集團(tuán)側(cè)鏈的片段D(結(jié)構(gòu)見圖5),用來進(jìn)行后續(xù)的表征。
圖2. miRNA-21以及PNA序列
圖3. 三種PNA結(jié)構(gòu)
PNA-A將疏水的丙氨酸側(cè)鏈和親水的賴氨酸側(cè)鏈引入到了PNA兩端的側(cè)鏈上,而PNA-aa則將兩個(gè)丙氨酸和賴氨酸直接接在了PNA主鏈的兩端。PNA-C為主鏈無氨基酸側(cè)鏈的PNA。圖4和圖5為PNA單體以及片段D的合成路線。
圖4. PNA單體合成路線
圖5. 片段D的合成路線
在合成以及表征了PNA結(jié)構(gòu)后,作者先通過紫外熔融實(shí)驗(yàn)分析了PNA-A、PNA-C和PNA-aa與互補(bǔ)DNA或miRNA-21的雜交。結(jié)果表明PNA-A與DNA、RNA結(jié)合的Tm都比PNA-C和PNA-aa高,說明γ位氨基酸側(cè)鏈的修飾增強(qiáng)了PNA互補(bǔ)的能力。
接著作者通過熒光測(cè)量表征了PNA-A的CMC(臨界膠團(tuán)濃度)(圖6)。在形成膠團(tuán)時(shí),熒光的信號(hào)會(huì)增強(qiáng),隨濃度變化的斜率也會(huì)增大,因此可以取兩者的交點(diǎn)表明在此濃度下膠團(tuán)開始形成。作者還通過TEM(透射電子顯微鏡)觀察了PNA-A在100μM下形成的膠團(tuán)。(圖7)相對(duì)應(yīng)的,PNA-C只顯示出少量的非晶組裝,PNA-aa表現(xiàn)出非晶組裝的非均質(zhì)混合物,一些與PNA-A相似大小,但其他明顯更大,缺乏統(tǒng)一的形狀,作者猜想這與PNA-aa的鏈更柔性有關(guān)。作者也利用了DLS對(duì)粒徑大小進(jìn)行了表征,結(jié)果基本與TEM一致。
圖7. PNA-A的STMScale bars = 2000 nm(左上), 1000 nm (右上), 500 nm (左下), 50 nm(右下).
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Item | Label | Information |
TelC-FA | FAM | TelC telomere probe |
TelC-Cy3 | Cy3 | (CCCTAACCCTAACCCTAA) |
TelC-Cy5 | Cy5 | C-rich/leading strand |
TelC-Alexa488 | Alexa Fluor 488 | Reacts thuman, mouse, rat, etc |
TelC-FITC | FITC | |
TelC-Alexa647 | Alexa Fluor 647 | |
TelC-Biotin | Biotin | |
TelG-FAM | FAM | TelG telomere probe |
TelG-Cy3 | Cy3 | (TTAGGGTTAGGGTTAGGG) |
TelG-Cy5 | Cy5 | G-rich/lagging strand |
TelG-Alexa488 | Alexa Fluor 488 | Reacts thuman, mouse, rat, etc |
TelG-FITC | FITC | |
aTelC-Alexa488 | Alexa Fluor 488 | TelC probe for arthropods (CCTAA repeats) |
CENPB-FAM | FAM | Pan-centromere probe |
CENPB-Cy3 | Cy3 | (ATTCGTTGGAAACGGGA) |
CENPB-Alexa488 | Alexa Fluor 488 | Reacts thuman & mouse |
CENPB-Cy5 | Cy5 | |
CENPB-Biotin | Biotin | |
CENT-Cy3 | Cy3 | Human only pan-centromere probe |
CENT-FAM | FAM | (AAACTAGACAGAAGCATT) |
(CAG)5-Cy3 | Cy3 | Stains CAG repeats (DM-1 |
以上資料來自西安pg電子官方生物小編zhn2021.02.22
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